La FEPP nace a partir de una iniciativa del sector empresarial cuando apoyaba a las comunidades más afectadas en el desastre natural provocado por las lluvias del año 1999 en la sierra norte del estado de Puebla.

Superada la crisis, los empresarios deciden darle continuidad a esta iniciativa y organizar la fundación, albergándola en el Consejo Coordinador Empresarial para coordinar y desarrollar sus actividades con sentido social y comprometerse ante la entidad a través del ejercicio de la Responsabilidad Social Empresarial compartida en la promoción del desarrollo.